De leer van de rechtvaardiging door het geloof alleen is het artikel waar de kerk mee staat of valt. Het karakter van onze godsdienst wordt bepaald door het antwoord dat wij geven op de vraag hoe een mens voor God kan bestaan. De Schrift leert ons dat de enige grond van onze zaligheid en rechtvaardiging het bloed en de verdiensten van Christus zijn. God spreekt een zondaar vrij van zijn schuld, omdat Hij hem de volkomen genoeg-doening, gerechtigheid en heiligheid van Christus toerekent. Het middel waardoor wij delen in Christus' gerechtigheid is het geloof. Iedereen die in geloof de toevlucht neemt tot Christus, is rechtvaardig voor God. Zoals het onmogelijk is zonder geloof wel rechtvaardig voor God te zijn, zo is het ook onbestaanbaar met geloof niet rechtvaardig voor de Heere te zijn.
In de tijd na de Reformatie werd de zekerheid van het geloof een aangelegen punt. Is nu elke christen ten alle tijde ten volle verzekerd van het feit dat hij het eigendom van Christus is? In overeenstemming met de Schrift wordt in de Dordtse Leerregels gesteld dat we zeker zijn naar de mate van ons geloof. Hoe sterker ons geloof is, des te groter is ook de blijdschap en de zekerheid. Niet elke christen heeft de volle zekerheid van het geloof. In verband daarmee vind je bij sommige godgeleerden de onderscheiding tussen de rechtvaardiging voor de vierschaar van God en de rechtvaardiging in de vierschaar van het geweten.
Zo maakt John Owen deze onderscheiding in het boek dat hij schreef over de rechtvaardiging. Hij bedoelt daarmee dat niet elke christen die door geloof met Christus is verbonden en daarmee rechtvaardig is in het aangezicht van God, ook die zekerheid in zijn eigen geweten gevoelt. Onder de rechtvaardiging in het geweten verstaat John Owen het proces waarbij er innerlijk de vreugde en de zekerheid ontstaat dat Christus de onze is en wij van Hem zijn.
Owen wijst erop dat in dit proces de werkingen van Gods Geest in ons hart (de kenmerken van de wedergeboorte) en de verzegeling van Gods Geest een beslissende rol spelen. Omdat wij de werkingen van Gods Geest in ons hart ervaren en de onfeilbare kenmerken van genade bij onszelf waarnemen, ontstaat er de zekerheid dat ons geloof waarachtig is en wij het eigendom van Christus zijn.